Село Боженци е създадено след османското нашествие в Търново в края на 14век. Тогава от столицата на България бягат голям брой граждани, които се заселват в дълбоките и по-труднодостъпни части на Балкана. Между тях е и младата болярка Божана, която избира за свое скривалище местността, където e село Боженци. Именно на нея то носи своето име.Основен поминък на хората от Боженци е търговията. Нейния разцвет е през XVIII, XIX в. С течение на времето селото се разраства и през Възраждането се превръща във важен кръстопът. Основните стоки на търговците са кожа, вълна, восък, пчелен мед. В непосредствена близост до селото има запазен римски път, който продължава в екопътека в посока Габрово, а от източния край на селото започва горска пътека към Трявна.
През 1962 г. започва реставрирането на някои сгради, както и цялостно възстановяване на селото. На 6 септември 1964 г. Боженци е обявено официално за архитектурно-исторически резерват.
Днес хиляди туристи посещават този живописен кът, превърнал се във важна туристическа дестинация.